RNDr. Tomáš Raček, Ph.D.

2026

• Analysis of cyclohexane, cyclopentane, and benzene conformations in ligands for PDB X-ray structures using the Hill-Reilly approach

  BUČEKOVÁ Gabriela DOSHCHENKO Viktoriia SVOBODA Tomáš PORUBSKÁ Jana CHARESHNEU Aliaksei RAČEK Tomáš HORSKÝ Vladimír SVOBODOVÁ Radka SCHINDLER Ondřej

  Article in Periodical

  Journal of Cheminformatics, year: 2026, volume: 18, edition: 1, DOI

• GROMACS MetaDump: A tool to describe molecular dynamics simulations with powerful metadata

  SLANINÁKOVÁ Terézia ROŠINEC Adrián PAVLÍK Tomáš RANDIAK Róbert SVOBODA Tomáš RAČEK Tomáš BUČEKOVÁ Gabriela SCHINDLER Ondřej ANTOL Matej KŘENEK Aleš BERKA Karel SVOBODOVÁ Radka

  Conference abstract

  Year: 2026, type: Conference abstract

2025

• From Gametophytes to Sporophytes: Investigating Plant Motif Distribution with GOLEM

  NEVOSÁD Lukáš KLODOVÁ Božena RUDOLF Jiří RAČEK Tomáš PŘEROVSKÁ Tereza KUSOVÁ Alžbeta SVOBODOVÁ Radka HONYS David PROCHÁZKOVÁ SCHRUMPFOVÁ Petra

  Conference abstract

  Year: 2025, type: Conference abstract

• GOLEM: A Tool for Visualizing the Distribution of Gene Regulatory Elements in Plant Promoters

  NEVOSÁD Lukáš KLODOVÁ Božena RUDOLF Jiří RAČEK Tomáš PŘEROVSKÁ Tereza KUSOVÁ Alžbeta SVOBODOVÁ Radka HONYS David PROCHÁZKOVÁ SCHRUMPFOVÁ Petra

  Conference abstract

  Year: 2025, type: Conference abstract

• GOLEM: A tool for visualizing the distribution of Gene regulatOry eLEMents within the plant promoters with a focus on male gametophyte

  NEVOSÁD Lukáš KLODOVÁ Božena RUDOLF Jiří RAČEK Tomáš PŘEROVSKÁ Tereza KUSOVÁ Alžbeta SVOBODOVÁ Radka HONYS David PROCHÁZKOVÁ SCHRUMPFOVÁ Petra

  Article in Periodical

  Plant Journal, year: 2025, volume: 121, edition: 5, DOI

• GROMACS MetaDump

  ROŠINEC Adrián SLANINÁKOVÁ Terézia PAVLÍK Tomáš RANDIAK Róbert SVOBODA Tomáš RAČEK Tomáš BUČEKOVÁ Gabriela SCHINDLER Ondřej ANTOL Matej KŘENEK Aleš BERKA Karel SVOBODOVÁ Radka

  Software

  Year: 2025

• Gromacs MetaDump: a tool for extracting GROMACS simulation metadata

  ROŠINEC Adrián SLANINÁKOVÁ Terézia PAVLÍK Tomáš RANDIAK Róbert SVOBODA Tomáš RAČEK Tomáš BUČEKOVÁ Gabriela SCHINDLER Ondřej ANTOL Matej KŘENEK Aleš BERKA Karel SVOBODOVÁ Radka

  Article in Periodical

  Journal of Cheminformatics, year: 2025, volume: 17, edition: 1, DOI

• Investigating the Distribution of Plant Gene Regulatory Motifs from Gametophyte to Sporophyte

  NEVOSÁD Lukáš KLODOVÁ Božena RUDOLF Jiří RAČEK Tomáš PŘEROVSKÁ Tereza MIKUŠOVÁ Alžbeta ŠPANIHELOVÁ Věra HÝSKOVÁ Anna SVOBODOVÁ Radka HONYS David PROCHÁZKOVÁ SCHRUMPFOVÁ Petra

  Conference abstract

  Year: 2025, type: Conference abstract

• MOLEonline: a web-based tool for analysing channels, tunnels and pores (2025 update)

  RAČEK Tomáš VEĽKÝ Dušan BUČEKOVÁ Gabriela SCHINDLER Ondřej HUTAŘOVÁ VAŘEKOVÁ Ivana ŠPAČKOVÁ Anna BAZGIER Václav BERKA Karel SVOBODOVÁ Radka

  Article in Periodical

  Bioinformatics, year: 2025, volume: 41, edition: 9, DOI

• PDBCharges: Quantum-mechanical partial atomic charges for PDB structures

  BUČEKOVÁ Gabriela SCHINDLER Ondřej SVOBODA Tomáš ROŠINEC Adrián RAČEK Tomáš TICHÝ Dominik SVOBODOVÁ Radka

  Conference abstract

  Year: 2025, type: Conference abstract