Bc. Tomáš Pavlík

2026

• GROMACS MetaDump: A tool to describe molecular dynamics simulations with powerful metadata

  SLANINÁKOVÁ Terézia ROŠINEC Adrián PAVLÍK Tomáš RANDIAK Róbert SVOBODA Tomáš RAČEK Tomáš BUČEKOVÁ Gabriela SCHINDLER Ondřej ANTOL Matej KŘENEK Aleš BERKA Karel SVOBODOVÁ Radka

  Conference abstract

  Year: 2026, type: Conference abstract

• MDFind: Federated search for molecular dynamics data

  ROŠINEC Adrián PAVLÍK Tomáš SLANINÁKOVÁ Terézia KŘENEK Aleš ANTOL Matej SVOBODOVÁ Radka

  Conference abstract

  Year: 2026, type: Conference abstract

2025

• GROMACS MetaDump

  ROŠINEC Adrián SLANINÁKOVÁ Terézia PAVLÍK Tomáš RANDIAK Róbert SVOBODA Tomáš RAČEK Tomáš BUČEKOVÁ Gabriela SCHINDLER Ondřej ANTOL Matej KŘENEK Aleš BERKA Karel SVOBODOVÁ Radka

  Software

  Year: 2025

• Gromacs MetaDump: a tool for extracting GROMACS simulation metadata

  ROŠINEC Adrián SLANINÁKOVÁ Terézia PAVLÍK Tomáš RANDIAK Róbert SVOBODA Tomáš RAČEK Tomáš BUČEKOVÁ Gabriela SCHINDLER Ondřej ANTOL Matej KŘENEK Aleš BERKA Karel SVOBODOVÁ Radka

  Article in Periodical

  Journal of Cheminformatics, year: 2025, volume: 17, edition: 1, DOI

• Refining Structure-Based Search in AlphaFold DB: Including confidence metrics into AlphaFind

  SLANINÁKOVÁ Terézia MARŠÁLKOVÁ Eva GREŠOVÁ Katarína KŘENEK Aleš OĽHA Jaroslav PAVLÍK Tomáš ŠPRINGEROVÁ Pavlína SEHNAL David ANTOL Matej

  Conference abstract

  Year: 2025, type: Conference abstract

2024

• Beyond Metadata: Leveraging Similarity Search in Molecular Dynamics Data

  ROŠINEC Adrián PAVLÍK Tomáš SLANINÁKOVÁ Terézia KŘENEK Aleš ŠPRINGEROVÁ Pavlína ANTOL Matej SVOBODOVÁ Radka

  Conference abstract

  Year: 2024, type: Conference abstract