prof. RNDr. Jiří Šponer, DrSc.

2001

• Molecular dynamics of the frame-shifting pseudoknot from beet western yellows virus: The role of non- Watson-Crick base-pairing, ordered hydration, cation binding and base mutations on stability and unfolding

  CSASZAR Kristina ŠPAČKOVÁ Naděžda ŠTEFL Richard ŠPONER Jiří LEONTIS Neocles B.

  Článek v odborném periodiku

  Journal of Molecular Biology, rok: 2001, ročník: 313, vydání: 5

• Solution structure of the dodecamer d-(CATGGGCC-CATG)(2) is B-DNA. Experimental and molecular dynamics study

  DORNBERGER Utz ŠPAČKOVÁ Naděžda WALTER Axel GOLLMICK Friedrich A. ŠPONER Jiří FRITZSCHE hartmut

  Článek v odborném periodiku

  Journal of Biomolecular Structure and Dynamics, rok: 2001, ročník: 19, vydání: 1

• Structural dynamics and cation interactions of DNA quadruplex molecules containing mixed guanine/cytosine quartets revealed by large-scale MD simulations

  ŠPAČKOVÁ Naděžda BERGER Imre ŠPONER Jiří

  Článek v odborném periodiku

  Journal of the American Chemical Society, rok: 2001, ročník: 123, vydání: 14

1999

• Nanosecond molecular dynamics simulations of parallel and antiparallel guanine quadruplex DNA molecules

  ŠPAČKOVÁ Naděžda BERGER Imre ŠPONER Jiří

  Článek v odborném periodiku

  The Journal of the American Chemical Society, rok: 1999, ročník: roč. 121, vydání: 23

1998

• Molecular dynamics of hemiprotonated intercalated four-stranded i-DNA: stable trajectories on a nanosecond scale

  ŠPAČKOVÁ Naděžda BERGER Imre EGLI Martin ŠPONER Jiří

  Článek v odborném periodiku

  The Journal of the American Chemical Society, rok: 1998, ročník: roč. 120, vydání: 24