prof. RNDr. Karel Berka, Ph.D.

2018

• ChannelsDB: database of biomacromolecular tunnels and pores

  PRAVDA Lukáš SEHNAL David SVOBODOVÁ VAŘEKOVÁ Radka NAVRÁTILOVÁ Veronika TOUŠEK Dominik BERKA Karel OTYEPKA Michal KOČA Jaroslav

  Článek v odborném periodiku

  Nucleic Acids Research, rok: 2018, ročník: 46, vydání: D1, DOI

• MOLEonline: a web-based tool for analyzing channels, tunnels and pores (2018 update)

  PRAVDA Lukáš SEHNAL David TOUŠEK Dominik NAVRÁTILOVÁ Veronika BAZGIER Václav BERKA Karel SVOBODOVÁ VAŘEKOVÁ Radka KOČA Jaroslav OTYEPKA Michal

  Článek v odborném periodiku

  Nucleic Acids Research, rok: 2018, ročník: 46, vydání: W1, DOI

• Protein family based 2D Diagrams of Secondary Structure Elements

  HUTAŘOVÁ VAŘEKOVÁ Ivana HUTAŘ Jan MIDLIK Adam NAVRÁTILOVÁ Veronika SVOBODOVÁ VAŘEKOVÁ Radka BERKA Karel

  Konferenční abstrakty

  Rok: 2018, druh: Konferenční abstrakty

• Secondary Structure Elements-Annotations and Schematic 2D Visualizations Stable for Individual Protein Families

  SVOBODOVÁ VAŘEKOVÁ Radka MIDLIK Adam HUTAŘOVÁ VAŘEKOVÁ Ivana HUTAŘ Jan NAVRÁTILOVÁ Veronika KOČA Jaroslav BERKA Karel

  Konferenční abstrakty

  Rok: 2018, druh: Konferenční abstrakty

2017

• Cytochrome P450 structure anatomy – recognition and analysis of secondary structure elements

  MIDLIK Adam SVOBODOVÁ VAŘEKOVÁ Radka NAVRÁTILOVÁ Veronika BERKA Karel KOČA Jaroslav

  Konferenční abstrakty

  Rok: 2017, druh: Konferenční abstrakty

• LiteMol suite: interactive web-based visualization of large-scale macromolecular structure data

  SEHNAL David DESHPANDE Mandar SVOBODOVÁ VAŘEKOVÁ Radka MIR Saqib BERKA Karel MIDLIK Adam PRAVDA Lukáš VELANKAR Sameer KOČA Jaroslav

  Článek v odborném periodiku

  Nature Methods, rok: 2017, ročník: 14, vydání: 12, DOI

• Mapping and 2D visualization of secondary structure elements in cytochromes

  HUTAŘOVÁ VAŘEKOVÁ Ivana HUTAŘ Jan SVOBODOVÁ VAŘEKOVÁ Radka BERKA Karel

  Konferenční abstrakty

  Rok: 2017, druh: Konferenční abstrakty

2016

• Automatická anotácia sekundárnych štruktúr v cytochrómoch P450 a hodnotenie ich štruktúrnej podobnosti

  MIDLIK Adam BERKA Karel SVOBODOVÁ VAŘEKOVÁ Radka KOČA Jaroslav

  Konferenční abstrakty

  Rok: 2016, druh: Konferenční abstrakty

• Structural Bioinformatics Tools for Drug Design: Extraction of Biologically Relevant Information from Structural Databases

  KOČA Jaroslav SVOBODOVÁ VAŘEKOVÁ Radka PRAVDA Lukáš BERKA Karel GEIDL Stanislav SEHNAL David OTYEPKA Michal

  Odborná kniha

  Rok: 2016, vydání: Vyd. 1., počet stran: 144 s.

2015

• Anatomy of protein channels

  PRAVDA Lukáš BERKA Karel SVOBODOVÁ VAŘEKOVÁ Radka SEHNAL David IONESCU Crina-Maria OTYEPKA Michal KOČA Jaroslav

  Konferenční abstrakty

  Rok: 2015, druh: Konferenční abstrakty