Mgr. Bc. Jana Porubská

2026

• AlphaFind v2: Similarity Search in AlphaFold DB and TED Domains across Structural Contexts - data

  SLANINÁKOVÁ Terézia ROŠINEC Adrián ČILLÍK Jakub KŘENEK Aleš GREŠOVÁ Katarína PORUBSKÁ Jana MARŠÁLKOVÁ Eva OĽHA Jaroslav PROCHÁZKA David HEJTMÁNEK Lukáš DOHNAL Vlastislav BERKA Karel SVOBODOVÁ Radka ANTOL Matej

  Specializovaná databáze

  Rok: 2026, druh: Specializovaná databáze

• Analysis of cyclohexane, cyclopentane, and benzene conformations in ligands for PDB X-ray structures using the Hill-Reilly approach

  BUČEKOVÁ Gabriela DOSHCHENKO Viktoriia SVOBODA Tomáš PORUBSKÁ Jana CHARESHNEU Aliaksei RAČEK Tomáš HORSKÝ Vladimír SVOBODOVÁ Radka SCHINDLER Ondřej

  Článek v odborném periodiku

  Journal of Cheminformatics, rok: 2026, ročník: 18, vydání: 1, DOI

2025

• AlphaFind 2.0 – Enhanced structural similarity search for AlphaFold database

  SLANINÁKOVÁ Terézia ČILLÍK Jakub ROŠINEC Adrián GREŠOVÁ Katarína KŘENEK Aleš PORUBSKÁ Jana SVOBODOVÁ Radka ANTOL Matej

  Další prezentace na konferencích

  Rok: 2025, druh: Další prezentace na konferencích

2024

• AlphaFind — discover structure similarity across the proteome in AlphaFold DB

  GREŠOVÁ Katarína ŠPRINGEROVÁ Pavlína SLANINÁKOVÁ Terézia PROCHÁZKA David OĽHA Jaroslav ROŠINEC Adrián JÁNOŠOVÁ Miriama ČILLÍK Jakub PORUBSKÁ Jana SVOBODOVÁ Radka DOHNAL Vlastislav ANTOL Matej

  Konferenční abstrakty

  Rok: 2024, druh: Konferenční abstrakty

• AlphaFind — discover structure similarity across the proteome in AlphaFold DB

  SLANINÁKOVÁ Terézia PROCHÁZKA David OĽHA Jaroslav ROŠINEC Adrián GREŠOVÁ Katarína ČILLÍK Jakub JÁNOŠOVÁ Miriama PORUBSKÁ Jana SVOBODOVÁ Radka DOHNAL Vlastislav ANTOL Matej

  Konferenční abstrakty

  Rok: 2024, druh: Konferenční abstrakty

• AlphaFind: Discover structure similarity across the entire known proteome

  PROCHÁZKA David SLANINÁKOVÁ Terézia OĽHA Jaroslav ROŠINEC Adrián GREŠOVÁ Katarína JÁNOŠOVÁ Miriama ČILLÍK Jakub PORUBSKÁ Jana SVOBODOVÁ Radka DOHNAL Vlastislav ANTOL Matej

  Výzkumná zpráva

  Rok: 2024

• AlphaFind: discover structure similarity across the proteome in AlphaFold DB

  PROCHÁZKA David SLANINÁKOVÁ Terézia OĽHA Jaroslav ROŠINEC Adrián GREŠOVÁ Katarína JÁNOŠOVÁ Miriama ČILLÍK Jakub PORUBSKÁ Jana SVOBODOVÁ Radka DOHNAL Vlastislav ANTOL Matej

  Článek v odborném periodiku

  Nucleic acids research, rok: 2024, ročník: 52, vydání: W1, DOI

• Rare ring conformations in PDB: Facts or wishful thinking?

  BUČEKOVÁ Gabriela DOSHCHENKO Viktoriia CHARESHNEU Aliaksei PORUBSKÁ Jana PAJTINKA Michal OLEKSIK Michal SVOBODA Tomáš HORSKÝ Vladimír SVOBODOVÁ Radka

  Článek v odborném periodiku (nerecenzovaný)

  Rok: 2024, druh: Článek v odborném periodiku (nerecenzovaný)

2023

• Exploring the relationship between structural quality and journal impact factor

  PORUBSKÁ Jana HORSKÁ Veronika HORSKÝ Vladimír SVOBODOVÁ Radka

  Konferenční abstrakty

  Rok: 2023, druh: Konferenční abstrakty

• Journal metrics and structures: A dynamic interplay

  PORUBSKÁ Jana HORSKÁ Veronika HORSKÝ Vladimír SVOBODOVÁ Radka

  Konferenční abstrakty

  Rok: 2023, druh: Konferenční abstrakty