RNDr. Ondřej Schindler, Ph.D.

2026

• Analysis of cyclohexane, cyclopentane, and benzene conformations in ligands for PDB X-ray structures using the Hill-Reilly approach

  BUČEKOVÁ Gabriela DOSHCHENKO Viktoriia SVOBODA Tomáš PORUBSKÁ Jana CHARESHNEU Aliaksei RAČEK Tomáš HORSKÝ Vladimír SVOBODOVÁ Radka SCHINDLER Ondřej

  Článek v odborném periodiku

  Journal of Cheminformatics, rok: 2026, ročník: 18, vydání: 1, DOI

• GROMACS MetaDump: A tool to describe molecular dynamics simulations with powerful metadata

  SLANINÁKOVÁ Terézia ROŠINEC Adrián PAVLÍK Tomáš RANDIAK Róbert SVOBODA Tomáš RAČEK Tomáš BUČEKOVÁ Gabriela SCHINDLER Ondřej ANTOL Matej KŘENEK Aleš BERKA Karel SVOBODOVÁ Radka

  Konferenční abstrakty

  Rok: 2026, druh: Konferenční abstrakty

2025

• GROMACS MetaDump

  ROŠINEC Adrián SLANINÁKOVÁ Terézia PAVLÍK Tomáš RANDIAK Róbert SVOBODA Tomáš RAČEK Tomáš BUČEKOVÁ Gabriela SCHINDLER Ondřej ANTOL Matej KŘENEK Aleš BERKA Karel SVOBODOVÁ Radka

  Software

  Rok: 2025

• Gromacs MetaDump: a tool for extracting GROMACS simulation metadata

  ROŠINEC Adrián SLANINÁKOVÁ Terézia PAVLÍK Tomáš RANDIAK Róbert SVOBODA Tomáš RAČEK Tomáš BUČEKOVÁ Gabriela SCHINDLER Ondřej ANTOL Matej KŘENEK Aleš BERKA Karel SVOBODOVÁ Radka

  Článek v odborném periodiku

  Journal of Cheminformatics, rok: 2025, ročník: 17, vydání: 1, DOI

• MOLEonline: a web-based tool for analysing channels, tunnels and pores (2025 update)

  RAČEK Tomáš VEĽKÝ Dušan BUČEKOVÁ Gabriela SCHINDLER Ondřej HUTAŘOVÁ VAŘEKOVÁ Ivana ŠPAČKOVÁ Anna BAZGIER Václav BERKA Karel SVOBODOVÁ Radka

  Článek v odborném periodiku

  Bioinformatics, rok: 2025, ročník: 41, vydání: 9, DOI

• PDBCharges: Quantum-mechanical partial atomic charges for PDB structures

  BUČEKOVÁ Gabriela SCHINDLER Ondřej SVOBODA Tomáš ROŠINEC Adrián RAČEK Tomáš TICHÝ Dominik SVOBODOVÁ Radka

  Konferenční abstrakty

  Rok: 2025, druh: Konferenční abstrakty

• PDBCharges: Quantum-Mechanical Partial Atomic Charges for PDB Structures

  SCHINDLER Ondřej SVOBODA Tomáš ROŠINEC Adrián RAČEK Tomáš BUČEKOVÁ Gabriela TICHÝ Dominik BERKA Karel SVOBODOVÁ Radka

  Článek v odborném periodiku

  Nucleic Acids Research, rok: 2025, ročník: 53, vydání: W1, DOI

• Repairing protein structures from AlphaFold DB

  BOHUŠ Lukáš SCHINDLER Ondřej

  Další prezentace na konferencích

  Rok: 2025, druh: Další prezentace na konferencích

2023

• New ways of protein family visualization in AlphaFold era

  SVOBODOVÁ Radka BERKA Karel HUTAŘOVÁ VAŘEKOVÁ Ivana RAČEK Tomáš SCHINDLER Ondřej

  Další prezentace na konferencích

  Rok: 2023, druh: Další prezentace na konferencích

• αCharges: partial atomic charges for AlphaFold structures in high quality

  SCHINDLER Ondřej BERKA Karel CANTARA Alessio KŘENEK Aleš TICHÝ Dominik RAČEK Tomáš SVOBODOVÁ Radka

  Článek v odborném periodiku

  Nucleic Acids Research, rok: 2023, ročník: 51, vydání: W1, DOI