prof. RNDr. Jiří Šponer, DrSc.

2017

• Structural study of the Fox-1 RRM protein hydration reveals a role for key water molecules in RRM-RNA recognition.

  KREPL Miroslav BLATTER Markus CLERY Antoine DAMBERGER Fred F ALLAIN Frederic H T ŠPONER Jiří

  Článek v odborném periodiku

  Nucleic acids research, rok: 2017, DOI

• Structure of a Stable G-Hairpin

  GAJARSKÝ Martin ZIVKOVIC Martina Lenarcic STADLBAUER Petr PAGANO Bruno FIALA Radovan AMATO Jussara TOMASKA L´ubomir ŠPONER Jiří PLAVEC Janez TRANTÍREK Lukáš

  Článek v odborném periodiku

  Journal of the American Chemical Society, rok: 2017, ročník: 139, vydání: 10, DOI

• Study of Fox-1 and SRSF1 RRMs - the molecular recognition and hydration

  KREPL Miroslav CLERY Antoine BLATTER Markus ALLAIN Frederic ŠPONER Jiří

  Konferenční abstrakty

  Rok: 2017, druh: Konferenční abstrakty

2016

• Assessing the Current State of Amber Force Field Modifications for DNA

  GALINDO-MURILLO Rodrigo ROBERTSON James C. ZGARBOVÁ Marie ŠPONER Jiří OTYEPKA Michal JUREČKA Petr CHEATHAM Thomas E.

  Článek v odborném periodiku

  Journal of Chemical Theory and Computation, rok: 2016, ročník: 12, vydání: 8, DOI

• Can We Execute Reliable MM-PBSA Free Energy Computations of Relative Stabilities of Different Guanine Quadruplex Folds?

  ISLAM Barira STADLBAUER Petr NEIDLE Stephen HAIDER Shozeb ŠPONER Jiří

  Článek v odborném periodiku

  Journal of Physical Chemistry B, rok: 2016, ročník: 120, vydání: 11, DOI

• Coarse-Grained Simulations Complemented by Atomistic Molecular Dynamics Provide New Insights into Folding and Unfolding of Human Telomeric G-Quadruplexes

  STADLBAUER Petr MAZZANTI L CRAGNOLINI T WALES DJ DERREUMAUX P PASQUALI S ŠPONER Jiří

  Článek v odborném periodiku

  Journal of Chemical Theory and Computation, rok: 2016, ročník: 12, vydání: 12, DOI

• Comparative Assessment of Different RNA Tetranucleotides from the DFT-D3 and Force Field Perspective

  SZABLA Rafal HAVRILA Marek KRUSE Holger ŠPONER Jiří

  Článek v odborném periodiku

  Journal of Physical Chemistry B, rok: 2016, ročník: 120, vydání: 41, DOI

• Conformations of Human Telomeric G-Quadruplex Studied Using a Nucleotide-Independent Nitroxide Label

  ZHANG Xiaojun XU Cui-Xia DI FELICE Rosa ŠPONER Jiří ISLAM Barira STADLBAUER Petr DING Yuan MAO Lingling MAO Zong-Wan QIN Peter Z.

  Článek v odborném periodiku

  Biochemistry, rok: 2016, ročník: 55, vydání: 2, DOI

• Derivation of Reliable Geometries in QM Calculations of DNA Structures: Explicit Solvent QM/MM and Restrained Implicit Solvent QM Optimizations of G-Quadruplexes

  GKIONIS Konstantinos KRUSE Holger ŠPONER Jiří

  Článek v odborném periodiku

  Journal of Chemical Theory and Computation, rok: 2016, ročník: 12, vydání: 4, DOI

• Emergence of the First Catalytic Oligonucleotides in a Formamide-Based Origin Scenario

  ŠPONEROVÁ Judit ŠPONER Jiří NOVÁKOVÁ Olga BRABEC Viktor ŠEDO Ondrej ZDRÁHAL Zbyněk COSTANZO Giovanna PINO Samanta SALADINO Raffaele DI MAURO Ernesto

  Článek v odborném periodiku

  Chemistry - A European Journal, rok: 2016, ročník: 22, vydání: 11, DOI