prof. RNDr. Jiří Šponer, DrSc.

2015

• Can We Execute Stable Microsecond-Scale Atomistic Simulations of Protein-RNA Complexes?

  KREPL Miroslav HAVRILA Marek STADLBAUER Petr BANÁŠ Pavel OTYEPKA Michal PASULKA Josef ŠTEFL Richard ŠPONER Jiří

  Článek v odborném periodiku

  Journal of Chemical Theory and Computation, rok: 2015, ročník: 11, vydání: 3, DOI

• Conformational dynamics of bacterial and human cytoplasmic models of the ribosomal A-site

  PANECKA Joanna ŠPONER Jiří TRYLSKA Joanna

  Článek v odborném periodiku

  Biochimie, rok: 2015, ročník: 112, vydání: May, DOI

• Electron-Driven Proton Transfer Along H2O Wires Enables Photorelaxation of pi sigma* States in Chromophore-Water Clusters

  SZABLA Rafal Kazimierz ŠPONER Jiří GORA Robert W.

  Článek v odborném periodiku

  Journal of Physical Chemistry Letters, rok: 2015, ročník: 6, vydání: 8, DOI

• Excited-state hydrogen atom abstraction initiates the photochemistry of beta-2 '-deoxycytidine

  SZABLA Rafal Kazimierz CAMPOS Jesus ŠPONEROVÁ Judit ŠPONER Jiří GORA Robert W. SUTHERLAND John D.

  Článek v odborném periodiku

  CHEMICAL SCIENCE, rok: 2015, ročník: 6, vydání: 3, DOI

• Extended molecular dynamics of a c-kit promoter quadruplex

  ISLAM Barira STADLBAUER Petr KREPL Miroslav KOČA Jaroslav NEIDLE Stephen HAIDER Shozeb ŠPONER Jiří

  Článek v odborném periodiku

  Nucleic Acids Research, rok: 2015, ročník: 43, vydání: 18, DOI

• Hairpins participating in folding of human telomeric sequence quadruplexes studied by standard and T-REMD simulations

  STADLBAUER Petr KUHROVÁ Petra BANÁŠ Pavel KOČA Jaroslav BUSSI Giovanni TRANTÍREK Lukáš OTYEPKA Michal ŠPONER Jiří

  Článek v odborném periodiku

  Nucleic Acids Research, rok: 2015, ročník: 43, vydání: 20, DOI

• High-energy chemistry of formamide: A unified mechanism of nucleobase formation

  FERUS Martin NESVORNÝ David ŠPONER Jiří KUBELÍK Petr MICHALČÍKOVÁ Regina SHESTIVSKÁ Violetta ŠPONEROVÁ Judit CIVIŠ Svatopluk

  Článek v odborném periodiku

  Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, rok: 2015, ročník: 112, vydání: 3, DOI

• Chemical Feasibility of the General Acid/Base Mechanism of glmS Ribozyme Self-Cleavage

  DUBECKÝ Matúš WALTER Nils G. ŠPONER Jiří OTYEPKA Michal BANÁŠ Pavel

  Článek v odborném periodiku

  Biopolymers, rok: 2015, ročník: 103, vydání: 10, DOI

• Insights from 10 μs-scale molecular dynamics simulations of human telomeric quadruplexes

  ISLAM Barira STADLBAUER Petr HAIDER Shozeb ŠPONER Jiří

  Konferenční abstrakty

  Rok: 2015, druh: Konferenční abstrakty

• Insights into Stability and Folding of GNRA and UNCG Tetra loops Revealed by Microsecond Molecular Dynamics and Well-Tempered Metadynamics

  HALDAR Susanta KUHROVÁ Petra BANÁŠ Pavel SPIWOK Vojtěch ŠPONER Jiří HOBZA Pavel OTYEPKA Michal

  Článek v odborném periodiku

  Journal of Chemical Theory and Computation, rok: 2015, ročník: 11, vydání: 8, DOI